草花以上に深刻な物理的損害をもたらすのが、強靭な根系を持つ大型樹木だ。特に竹や笹を庭に植えてはいけない理由は、その異常な貫通力と侵略スピードにある。竹の地下茎はコンクリートのわずかな隙間やアスファルトを突き破るほどのパワーを持ち、床下からタケノコが生えて床板を突き破ったり、下水配管の継ぎ目を破壊して水漏れ事故を引き起こしたりする。
近年、おしゃれな庭木として人気の高いユーカリの庭木としての危険性も見逃せない。オーストラリア原産のユーカリは生長速度が凄まじく、日本の土壌に地植えすると数年で10メートルを超える大木に急成長する。その一方で根は地表近くに浅く広がる性質があるため、台風や強風で非常に倒木しやすい。さらに、周囲の水分を吸い尽くして他の植物を枯らすだけでなく、肥大化した根が住宅の基礎コンクリートを圧迫してヒビを入れるリスクを抱えている。
庭木の根が張ることで生じる基礎への影響は構造上の欠陥に直結するため、敷地境界や建物近くに植える樹種は成木のサイズと根の性質を慎重に見極める必要がある。