東京ジョイポリスは、お台場の大型商業施設「デックス東京ビーチ（DECKS Tokyo Beach）」の3階〜5階に位置しています。最寄り駅からのアクセスは極めて良好で、ゆりかもめ「お台場海浜公園駅」から徒歩2分、りんかい線「東京テレポート駅」からも徒歩約5分と、雨の日でもほぼ濡れずにエントランスへ到達できます。
来館時に必ず活用したいのが再入場システムです。入場ゲートで手の甲に見えない透明スタンプを押してもらうことで、当日の営業時間内であれば何度でも自由に出入りが可能です。基本営業時間は10:00〜20:00（時期や曜日により21:00まで延長）となっており、スケジュールに合わせた柔軟な滞在が組み立てられます。
ランチやカフェ休憩の際、館内の「フレームカフェ（Frame Cafe）」で東京湾の絶景を眺めながら食事を楽しむのも優雅ですが、再入場スタンプを使ってデックス東京ビーチ内の「お台場たこ焼きミュージアム」や周辺のレストラン街へ繰り出せば、食事の選択肢が格段に広がります。
