函館空港の国内線旅客ターミナルビルにおいて、一般アクセス可能なパブリックエリアには現在、1階と2階のそれぞれ指定場所に喫煙専用室が整備されている。
まず到着ロビーや各交通機関への乗り場が集中する1階フロア。ここにはビル外構周りを含め、屋外へのアクセスがしやすいエリアに喫煙スペースが確保されている。中央風除室を出てすぐの屋外エリアや、ビル北側の専用区画がそれに当たる。風の強い函館市特有の気候を考慮し、しっかりとした仕切りが設けられているのが特徴だ。
一方、土産物店や各種飲食店が軒を連ねる2階フロアでは、屋内に密閉型の喫煙専用室が設置されている。場所は売店エリアの奥、搭乗待合室へと向かう動線から少し外れた静かな区画だ。日本たばこ産業（JT）による最新の分煙技術指導のもと設計された室内は、強力な排気システムが稼働しており、ドアの開閉時にも周囲へ煙が漏れ出さない工夫が施されている。
