「天然由来」「ナチュラル」という言葉は、必ずしも「無害」を意味しない。植物は自己防衛のために多様な化学物質を合成しており、それらは強力な生物学的活性を持つ。
処方薬との過酷な相互作用（CYP450酵素への影響）
ハーブ成分の中には、肝臓の代謝酵素であるシトクロムP450（CYP450）の活性を強めたり、逆に阻害したりするものがある。例えば、セントジョーンズワート（西洋オトギリソウ）は薬物代謝酵素を誘導し、免疫抑制剤や抗不安薬、経口避妊薬の効果を著しく低下させる。デトックス目的で複数のハーブブレンドを摂取する際は、服用中の医薬品との飲み合わせを確認しなければならない。
下剤成分による体調不全と依存性
市販の「強力デトックスティー」の中には、センナ、大黄、キャンドルブッシュ（ハネセンナ）などの強力な下剤成分が含まれているケースが目立つ。これらを日常的に常用すると、腸管粘膜が刺激され、自律的な蠕動運動が失われる危険性がある。急激な下痢による水分と電解質の喪失は、デトックスどころか身体を疲弊させる原因となる。
