第二次世界大戦の敗戦後、連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）の占領下で旧軍は解体され、軍艦旗の掲出も途絶えた。転機が訪れたのは、サンフランシスコ平和条約の発効と朝鮮戦争を受けた再軍備の潮流の中だった。昭和20年代後半、当時の首相であった吉田茂の判断のもと、日本の海洋安全保障を担う組織の再構築が進められた。
1954年の自衛隊法施行に伴い発足した海上自衛隊は、旧海軍が用いていた十六条の旗を「自衛艦旗」として正式に採用する決断を下す。防衛省・自衛隊の内部議論では新しいデザインの模索も行われたが、国際的な海軍の慣習や視認性の高さ、歴史的継承性が考慮された。内閣総理大臣だった吉田茂も「国際社会で通用する海の伝統」を評価し、再採用を承認した経緯がある。
国際法上、自衛艦旗は国連海洋法条約に基づく「軍艦」の公的属性を示す識別旗として扱われる。世界各国の港湾に入港する際、海上自衛隊の艦船が掲げる自衛艦旗は、国際慣習法における正規の国連加盟国軍の旗としての法的地位を確立している。
