激しい毒性を持つ一方で、センダンは有史以来、東洋医学において重要な薬用植物として活用されてきた二面性を持ちます。センダンの成熟果実を乾燥させたものは、日本薬局方外生薬規格にも収載されている生薬「苦楝子（クレンジ／別名：楝実・金鈴子）」として知られています。
生薬苦楝子の効能と副作用は、まさに「毒と薬は紙一重」であることを雄弁に物語っています。伝統的な中医学や漢方処方では、鎮痛、駆虫（回虫や蟯虫の駆除）、清熱、腹痛の緩和などを目的に用いられてきました。しかし、現代医学の基準から見ると安全域（有効量と中毒量の間のマージン）が極めて狭く、素人が民間療法として煎じて飲むような行為は絶対に行えません。専門医や漢方薬剤師の厳密な管理下でない限り、肝機能障害や急性腎障害、重篤な不整脈を誘発する副作用リスクが勝るためです。
一方で、近年のバイオテクノロジー分野では、センダンの化学成分が再び脚光を浴びています。その代表例がセンダン抽出エキスの抗ウイルス研究です。国内の大学研究機関や医療ベンチャーの実験において、センダンの葉や樹皮、果実から抽出された特定のポリフェノールおよびリモノイド誘導体が、インフルエンザウイルスや単純ヘルペスウイルス、さらには新興呼吸器ウイルスの細胞内侵入・複製を抑制するメカニズムが報告されています。
ただし、ここで混同してはならないのは、「抗ウイルス活性が確認された精製抽出物」と「野生の樹木に生る実をそのまま摂取すること」は全くの別物であるという点です。研究室で行われているのは、毒性成分を極限まで分離・無毒化し、有用な分子骨格のみを抽出する高度な創薬アプローチです。「ウイルス感染を防ぐためにセンダンの実を食べる」といった誤った解釈は、直ちに重篤なメリアトキシン中毒を引き起こす極めて無謀な行為です。
