神社の起源は、第12代景行天皇の御代（西暦110年）、日本武尊（やまとたけるのみこと）が東征の折に富士山を遥拝し、「富士の神霊は北の麓より拝せよ」と祠を建てたことに始まります。延暦7年（788年）には富士山の大噴火を鎮めるため、甲斐守・紀豊庭によって現在の地に社殿が建立されました。
室町時代から江戸時代にかけては、庶民による富士山信仰集団「富士講」が大流行。信者たちはこの北口本宮で身を清め、金剛杖を手に山頂を目指しました。境内に今も残る無数の石碑や記念碑は、先人たちが捧げた篤い祈りの歴史を物語っています。
そして、毎年8月26日・27日に開催される例大祭「吉田の火祭り（鎮火祭）」は、日本三奇祭の一つに数えられる壮大な神事です。高さ3メートルを超える大松明が町中で一斉に燃え盛り、夜空を赤く染め上げる光景は圧巻の一言。富士山の噴火を鎮め、実り豊かな秋と人々の平穏を祈るこの祭事は、国の重要無形民俗文化財にも指定されています。
