STAP細胞事件がもたらした最大の打撃は、日本の再生医療および生命科学全般に対する国際的な信頼の低下だった。だが、この痛恨の蹉跌は、研究倫理の抜本的な改革へとつながる契機にもなった。実験ノートのデジタル管理、生データの厳格な保存義務、画像データの不正加工検知システムの導入など、不正を未然に防ぐためのプロトコルが全国の研究機関で標準化された。
研究者個人に対しても、研究公正に関する定期的な研修が義務付けられ、成果を急ぐあまり検証を怠る風潮への自戒が徹底されている。バイオテクノロジーの進歩が目覚ましい現代において、科学的な誠実さこそが研究の生命線であるという認識は、あの事件という痛烈な代償を払ってようやく強固なものとなった。