貴船神社において、最も厳かで時に「異様な空気」と評されるのが奥宮です。ネット上では「奥宮は空気が重くて怖い」「霊感が強い人は近づかない方がいい」といったネガティブな噂が散見されますが、その背景には歴史的な伝承と土地が持つ強大なエネルギーが存在します。
第一の理由は、奥宮の本殿真下に日本三大龍穴の一つとされる巨大な穴が存在することです。龍穴とは大地の気が噴き出す神聖な場所であり、室生龍穴神社（奈良県）や備前龍穴（岡山県）と並ぶ極めてエネルギーの強い場所とされています。あまりに濃密な神気ゆえに、感受性の強い人が圧倒されて「怖さ」や「圧迫感」として知覚してしまうケースが後を絶ちません。江戸時代には、大工が誤って龍穴にノミを落としたところ、突如として激しい突風が吹き荒れノミが天高く吹き飛ばされたという記録も残されています。
第二の理由は、中世以降に広まった「丑の刻参り」の伝承です。貴船明神が「丑の年の丑の月の丑の日の丑の刻」に降臨したという故事が、時代を経て「丑の刻に願掛けをすると呪いが成就する」という民俗信仰に変質しました。本質的に貴船の神は心願成就の神であり、呪詛の神ではありませんが、鬱蒼とした杉木立と歴史の影が結びつき、現代でも「怖い噂」として一人歩きしているのが実態です。
