クラークWebの学費は、通学頻度が高い全日制型コースと比較して大幅に抑えられた価格設定になっています。年間にかかる主な費用は、入学金、授業料（履修単位数に応じた従量制）、施設設備費、システム利用料などで構成されています。
私立通信制高校であるため、国の「高等学校等就学支援金制度」が適用されます。世帯年収に応じて1単位あたり最大で全額近くが国から支給されるため、実質的な授業料負担は大幅に軽減されます。
世帯年収約590万円未満の世帯であれば、授業料の大部分が実質無償化され、年間にかかる自己負担額は諸経費を含めて10万〜20万円台程度に収まるケースが一般的です。年収590万〜910万円前後の世帯でも基本支給額が適用されるため、全日制私立高校へ通う場合と比べて経済的負担を大幅に軽減しながら高卒資格取得を目指せます。
