小学校での6年間の学びを終えた児童の大半は、隣接する三木市立緑が丘中学校へと進学する。小中6・3制の壁をスムーズに乗り越えるため、両校間では定期的な教員交流や合同授業、部活動体験などが積極的に実施されてきた。このステップアップ構造が、児童の精神的な安定と学力の円滑な継続に大きく寄与している。
中学校への進学後も、緑が丘東小学校で培われた自主的・対話的な学びの姿勢が生きていると中学校側の教員も評価する。部活動と学業の両立に励む生徒たちの姿は、後輩となる小学生たちにとっても頼もしい手本となっており、地域全体で子どもを育てる文化が確実に受け継がれている。
