組織の起源は1977年に遡る。国際環境NGOグリーンピースの初期メンバーであったポール・ワトソンが、非暴力抗議路線に物足りなさを覚え、自ら立ち上げたのがシーシェパードだ。彼は「直接行動」という名のもとに、相手の船舶を沈没させることも厭わない強硬姿勢を露わにした。
理念として掲げられたのは海洋保護だ。しかし、法的手続きや対話による解決を軽視し、実力行使によって目的を果たそうとするスタイルは、当初から大きな物議を醸した。国際法を独自に解釈し、自らを「海の警察」と規定する自己正当化の論理が、その後の活動の基盤となっている。