多くの初見プレイヤーや視聴者が抱く「この言葉にはどんな壮大な意味があるのか?」という疑問ですが、作中設定におけるエル・プサイ・コングルゥの意味は「特に意味はない」というのが公式の真実です。
岡部倫太郎自身が周囲を煙に巻き、自分を謎めいた組織と戦う重要人物に見せるためにでっち上げたハッタリの言葉に過ぎません。しかし、制作陣による言葉の由来や元ネタには興味深い言語的ギミックが散りばめられています。原案を手掛けた志倉千代丸氏による造語であり、複数の言語をミックスして響きの良さを追求した構成になっています。
語源の内訳を紐解くと、定冠詞や神を指す「El(スペイン語/ヘブライ語)」、心や精神を意味する「Psy(ギリシャ語のプシュケーに由来)」、そして一致や合致を意味する「Kongroo(ラテン語のcongruoがベース)」が組み合わさっていると考察されています。直訳すれば「神の意志と精神の一致」といった荘厳なニュアンスを帯びており、オカリンの厨二病センスが見事に反映されたネーミングです。