気になる特定准教授の給与水準だが、一律の俸給表に基づく一般教員とは異なり、年俸制が採用されるケースがほとんどだ。年収のレンジは概ね600万円から1,000万円程度と幅広く、参画するプロジェクトの資金力によって大きく左右される。例えば、科学技術振興機構（JST）が主導する大規模な国家プロジェクトや、多額の予算が投じられる大型の科研費プロジェクトに雇用される場合、同年代の専任准教授を上回る年俸が提示されることも珍しくない。
だが、その高額な報酬の裏には相応のリスクが潜む。外部資金の交付期間が満了すれば、次の大規模予算を獲得しない限り雇用契約の更新は叶わない。ボーナスや退職金が支給されない年俸契約も多く、表面上の年収額が高く見えても、長期的な生涯賃金やローン審査などの社会的信用度においては、常勤の准教授に対して不利に働く側面がある。常に成果を出し続けなければポジションが消滅する緊張感と隣り合わせの給与体系といえる。
