末期症状を確認した直後に行うべき最優先事項は、本水槽からの完全隔離です。カラムナリス菌は強い感染力を持つため、同居魚への感染を防ぐと同時に、治療に専念できる無菌に近い環境を構築しなければなりません。
正しい尾ぐされ病の隔離水槽の作り方の手順は以下の通りです。
まず、5〜10L程度の小型プラケースや水槽を用意し、本水槽の水ではなく「カルキを抜いた新水」を使用します。本水槽の水はすでに病原菌が高密度で増殖しているリスクが高いためです。底砂や水草、多孔質ろ材は薬剤を吸着して薬効を落とすため一切入れず、ベアタンク（何も敷かない状態）を徹底してください。水流は弱めのエアレーションのみとし、体力を奪わない環境を整えます。
治療期間中の尾ぐされ病の水換えタイミングについては、2日に1回、あるいは毎日三分の一から半量の換水が推奨されます。隔離水槽はろ過バクテリアが機能していないため、アンモニア中毒を防ぐとともに、死滅したカラムナリス菌や脱落した壊死組織を水槽外へ排出する必要があるためです。換水時は水温と薬・塩の濃度を厳密に合わせた新水をゆっくり足すことが鉄則です。
