原則として、医療費控除制度を利用して確定申告を行った場合、申告の根拠となった書類は確定申告期限の翌日から「5年間」保存しなければならない。これは国税通則法および所得税法に基づく基本的なルールだ。例えば、3月15日が申告期限である場合、その翌日である3月16日から起算して満5年が経過するまで、手元の書類を安全に保管しておく必要がある。
だが、医療・税務会計業界の専門家の間では「念のため7年間保存すべきだ」という声も根強い。なぜ5年ではなく7年なのか。その理由は、意図的な所得隠しや悪質な申告漏れが疑われた場合、税務署が過年度に遡って課税修正を行える除斥期間（時効）が最大7年と定められているためだ。うっかり誤った申告をしてしまった場合でも、過失の程度によっては5年を超えて調査が及ぶケースがある。したがって、追徴リスクを完全に排除したいのであれば、7年の保管を標準と考えるのが最も安全な防衛策と言える。
