ネット上の情報や参拝者の間で見落とされがちなのが、尾張猿田彦神社の法的位置づけと組織運営の特異性です。公的記録によると、同社は長年未登記の崇敬組織として活動していましたが、2005年（平成17年）1月5日に正式な宗教法人としての設立登記を行いました。
日本の神社の約9割は「神社本庁」という包括宗教法人に加盟していますが、尾張猿田彦神社は加盟を選択せず、独立した「単立神社」として活動しています。この体制により、伝統的なしきたりに縛られすぎることなく、現代人の生活様式に即した柔軟な運営が実現しています。
その最たる例が、神職資格の独自付与制度です。通常、神職になるためには特定の神道系大学を卒業するか本庁の養成課程を経る必要がありますが、尾張猿田彦神社では自社で講習会を開催し、厳格な選考の上で「直階（ちょっかい）」の神職資格を授与しています。地域密着の地鎮祭や神事を大切にしつつ、志を持つ人々に開かれた組織づくりを進めている点は、全国的にも極めて珍しい先進的なモデルといえます。
一部のネット掲示板などで「比較的新しい神社なのか？」と疑問視されることがありますが、前述の通り神社の起源自体は昭和28年の伊勢神宮式年遷宮に遡る由緒正しいものであり、2005年の登記は管理体制を近代法制に合わせて整えた結果です。誤った俗説に惑わされる必要はありません。
