だが、既存の地震学を専門とする研究者たちからは、この予測手法に対して厳しい懸念の声が上がり続けている。最大の争点は、予測の「精度」と「条件設定」の曖昧さだ。一般的な科学的予測においては、いつ（時期）、どこで（場所）、どのくらいの規模（マグニチュード）で起きるかという3要素が明確に絞り込まれていなければならない。
専門家が指摘する意外な落とし穴とは、予測対象となる地域が都道府県単位や広域に渡り、対象期間も数ヶ月間に及ぶケースが多い点だ。地震活動が活発な日本列島において、広い地域と長い期間を設定すれば、確率論的に「どこかで震度5以上の地震が起きる」可能性は極めて高くなる。これが、見かけ上の高的中率を生み出しているカラクリではないかという批判の根拠である。さらに、電子基準点のノイズ（季節変動やデータの誤差）を地盤の異常変動と見誤っている可能性も学会等で度々論議されている。
