日本ハウスホールディングスを語る上で欠かせないのが「檜（ひのき）」という樹種への執念です。社寺仏閣に用いられ、千年以上前の姿を今に残す法隆寺が証明するように、檜は世界最高峰の耐久性を誇る建築資材です。しかし、自然素材である以上、工業化製品にはない特性と留意点が存在します。
日本ハウスHDが構造の中核に採用しているのは、厳しい品質選別をクリアした「血統書付きの国産檜（特選上小節）」です。檜に含まれる「ヒノキチオール」や「α-カジノール」といった精油成分には、強力な抗菌・防蟻（シロアリを寄せ付けない）作用があり、薬剤塗布だけに頼らない自然本来の防虫性能を発揮します。さらに、森林浴と同等のリラックス効果（副交感神経を優位にする作用）をもたらすことが森林総合研究所などの研究でも明らかにされています。
耐震面においては、檜無垢柱に高倍率の耐力壁やオリジナル金物を緊結させた「新木造ストロング工法」を採用。実大振動実験で震度7クラスの激震に連続して耐え抜く剛性を確保し、全棟で耐震等級3（最高等級）を標準化しています。また、太陽光発電システムと蓄電池を組み合わせたエネルギー自給自足住宅（ZEH水準を大幅に超える省エネ設計）にも注力しており、光熱費高騰が続く現代のランニングコスト低減に寄与しています。
しかし、検討時に理解しておくべき「檜の家のデメリット」も確実に存在します。第1に、自然乾燥木材特有の「干割れ（ひわれ）」や「鳴り」です。無垢の木は引き渡し後も呼吸を続けて室内の湿度を調整するため、乾燥収縮に伴ってピシッと音が鳴ったり、構造上支障のない表面クラックが生じたりします。これを「木の生きた証」として愛せる人には最高の住処となりますが、工業製品のような狂いのなさを求める方にはストレス要因になり得ます。第2に、木材調達コストの高さがそのまま坪単価に直結するため、予算に余裕がない場合は設計面での妥協を強いられやすい点です。
